شمال نیوز: مقیسه کار خود را از سال ۱۳۶۰ با نام مستعار ناصریان در دادسرای انقلاب اسلامی آغاز کرد. او ابتدا دادیار شعبه بود و در سال ۶۴ به عنوان ناظر زندان قزل‌حصار منصوب شد. پس از بسته شدن زندان قزل‌حصار، مقیسه به دادیاری و ناظری زندان رجایی‌شهر (گوهردشت) پرداخت.

به گزارش شمال نیوز، این قاضی با سابقه، ۳۳ سال در دادگاه انقلاب فعالیت داشت و یکی از قضات برجسته این دادگاه به شمار می‌رفت.

در روز ۲۱ آبان ۱۳۹۹، برخی رسانه‌ها از برکناری محمد مقیسه از ریاست شعبه ۲۸ دادگاه انقلاب خبر دادند. در مراسم تودیع و معارفه رئیس جدید دادگاه‌های انقلاب تهران، محسنی اژه‌ای، معاون اول قوه قضائیه، از قاضی مقیسه تقدیر کرد، اما خبری از برکناری او منتشر نشد و تنها جانشینی احمد زرگر به جای غضنفرآبادی به عنوان رئیس جدید دادگاه انقلاب تهران اعلام شد.

اتحادیه اروپا در تصمیمی مورخ ۲۳ فروردین ۱۳۹۰ (۱۳ آوریل ۲۰۱۱)، ۳۲ مقام ایرانی از جمله محمد مقیسه را از ورود به کشورهای این اتحادیه محروم کرد. همچنین، در ۲۸ آذر ۱۳۹۸، وزارت خزانه‌داری ایالات متحده آمریکا نام او را در فهرست تحریم‌های خود قرار داد و در ۲۹ خرداد ۱۴۰۲، وزارت خارجه کانادا نیز نام محمد مقیسه را در فهرست تحریم‌های خود گنجاند. او پرونده های مهم زیادی را قضاوت کرده بود.

پرونده رهبران بهایی، برخی اغتشاشگران سال ۸۸ از جمله پرونده‌هایی هستند که مقیسه مسئول رسیدگی به آن بوده‌است. پرونده ابوالفضل قدیانی و مصطفی تاجزاده در شعبه ۲۸ دادگاه انقلاب به ریاست مقیسه رسیدگی شده‌است. مقیسه هم چنین، مهدی هاشمی، فرزند مرحوم اکبر هاشمی رفسنجانی (رئیس سابق مجمع تشخیص مصحلت نظام) را به صورت غیر علنی در دادگاه انقلاب در سال ۲۰۱۴ میلادی محاکمه کرده بود.

قاضی مقیسه هم چنین در سال ۱۳۹۶، رئیس دادگاه رسیدگی به اتهامات پرونده موسوم به فساد بزرگ نفتی بود که پای بابک زنجانی را به این دادگاه کشاند.

رسیدگی به پرونده موسوم به شاخ‌های اینستاگرامی از حمله سحر تبر نیز به ریاست قاضی مقیسه انجام شده بود.